利用上、構造上の独立性の要件を満たすのであれば2階のみを賃貸しても問題無いと思います。

利用上の独立性とは簡単に言えば1住戸として使用できる事が出来るものですね。
具体的には独立した出入口があって（他の部屋を通らないと対象室に入れない場合はだめ）住居であればキッチンや風呂など通常生活する目的のために有する設備が付いていることです。

構造上の独立性とは対象範囲がきちんと明確になっていること。つまり賃貸借室が天井や床、壁、扉などによって構造的に遮断されていることです。
障子とか襖だけの出入りが自由な扉は構造的に独立性があるとは言えません。
ただし常時遮断されている必要は無く、店舗のようにシャッターやガラスで一時的に仕切られているだけのものでも構造上の独立性が認められる場合もあります。

以上の理由から推測するに、はる様のご自宅は2世帯住宅ですので利用上住居としての設備等を有すると考えられますし、構造上遮断されておりカベも塞ぐとのことで賃貸するのになんら問題は無いと思います。
良い借り手様が見つかるといいですね。

回答日：2012/12/12

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